La fortaleza de Sta. Catalina remonta sus orígenes a fines de la Edad Media, aunque existen vestigios de una ocupación del sitio desde al menos época romana.
Es en 1472, atendiendo al informe que Martín de Rodona, vicario de El Puerto de Sta. María, realiza en 1561 sobre iglesias monasterios ermitas […], cuando se inicia, gracias a las limosnas recaudadas por el clérigo Diego del Puerto. la obra de la ermita de Santa Catalina, cuya advocación sigue presente en el topónimo de este enclave.
Se levantó junto a la costa, en un pequeño cabo del interior de la Bahía de Cádiz, y constituyó, junto a Nuestra Señora de Guía y Santa María del Socorro, la tercera ermita que se erigió al sur de la ciudad en el amplio espacio que se desarrolla entre el mar el río y el perímetro urbanizado.
Debido a su particular ubicación se convirtió en un punto estratégico para vigilar incursiones de carácter hostil por el litoral. Así Martin de Rodona refiere que tras la muerte de Diego del Puerto le sucedió en la ermita fray Pedro, el cual la amplió y con “una fuente donde están las tiendas en verano para guardar la costa de los moros”, en referencia las postas de guardia que realizaban ahumadas diurnas y almenaras nocturnas entre las ciudades de Cádiz, El Puerto y Jerez.
Hipólito Sancho señala que en 1499 desde este punto salieron Juan de la Cosa y Alonso de Ojeda y en 1525 el Mariscal de León mandó establecer en el lugar un cuerpo de guardia para avisar de posibles arribos del enemigo, verificado el 25 de mayo de 1562 con el desembarco de 13 navíos turcos repelidos por las milicias de Jerez.
La representación más antigua de este oratorio aparece en el apunte realizado por Wyngaerde en 1567 para la elaboración de la conocida vista panorámica de El Puerto de Santa María. Asimismo, varios mapas realizados en la segunda década del seiscientos nos dejan varias representaciones de la ermita. Poco después, tras la construcción del castillo, la ermita dejó de estar a cargo del Arzobispado de Sevilla, convirtiéndose probablemente en iglesia de la fortaleza.
MA.M.V. y R.G.R.
Año 1613 Detalle de ermita en Planta general de la ciudad de Cádiz y su vaia (sic)”, Institut Cartogràfic i Geològic de Catalunya.
Año 1614. Detalle de ermita en Mapa de Bahía de Cádiz donde se destaca el proyecto de un nuevo muelle para el puerto de Rota. MECD. Archivo General de Simancas, MPD XXI-47.