En 1801 el miembro del recién creado Cuerpo Facultativo de Ingenieros del Ejercito Ramón de Villalonga proyecta, según consta en un plano que se custodia en el Archivo Militar General de Segovia, nuevas obras para la defensa del frente de tierra.
Estas obras no debieron ejecutarse ya que, en 1810, durante la Guerra de la independencia, último episodio bélico que tuvo lugar en Santa Catalina, el capitán del cuerpo de ingenieros del ejército español Jorge Ladman levanta otro plano con las obras construidas por los franceses que pretendían la toma del recinto por ese frente.
Ante estos hechos el Capitán General de Andalucía, Francisco Javier Venegas, autoriza el almirante inglés Pervis que se encargue de volar la fortaleza a fin de que las tropas napoleónicas no pudiesen utilizarla contra Cádiz.
Posteriormente, las ruinas fueron ocupadas por las tropas francesas del Duque de Angulema, los llamados Hijos de San Luis, que arribaron al puerto el 23 de junio de 1823 y mantuvieron el control de Cádiz y sus fortificaciones hasta 1828.
Ya en el siglo XX, durante la Segunda Guerra Mundial, los restos de la vieja fortaleza sirvieron para impedir una inversión aliada. Asimismo, junto al fuerte, se construyó un gran edificio para el cuartel de la Benemérita, hoy desaparecido, que estuvo en funcionamiento hasta los años 70 del pasado siglo.
MA. M.V. y R.G.R.